Öko-Lebensmittel haben einen festen Platz im Markt erobert und sind beim Verbraucher weiterhin geschätzt. Zur Regelung der Öko-Produkte gelten die Öko-Basis-Verordnung Nr. 834/2007 und die Durchführungsverordnungen Nr. 882/2008 und Nr. 1235/2008 zum Import.

Da der Unterschied zwischen Bio- und konventionellen Erzeugnissen analytisch am Produkt kaum festzumachen ist wurde ein ausgeklügeltes Kontrollregime entwickelt, das auf Systemkontrollen vor Ort beruht und den gesamten Werdegang eines BioProduktes umfasst.

1. Kontrollpflicht
Die Öko-Verordnung regelt sämtliche Lebensmittel mit Öko-Hinweisen, aber auch z. B. Heimtiernahrung und Bio-Hefen. Seit 2012 gibt es auch „Bio-Wein“. Weitere Regelungen durch die Kommission sollen folgen, ggf. auch noch für Kosmetika. Arzneimittel werden nicht von der Öko-Verordnung erfasst.

Das Auslösen der Öko-Verordnung und die Kontrollpflicht ergeben sich durch Kennzeichnung und Werbung. Grundsätzlich lösen alle Begriffe wie „ökologisch“ oder „biologisch“ oder „Bio“ und „Öko“ die Anwendung der Verordnung aus.

Erfasst werden bei der Betrachtung nicht nur Hinweise, die im Etikett der Produkte erscheinen, sondern auch Angaben in Etikettierung, Werbung und Geschäftspapieren. Selbst die Führung der Silbe „Bio“ in einer Marke oder Firmierung, auch wenn diese historisch belegt ist, führt nach Artikel 23 der Öko-Verordnung dazu, dass der Verbraucher nach Auffassung des Gesetzgebers ein Bio-Produkt vermutet. Die Kontrollpflicht gilt für Erzeugerbetriebe und Hersteller genauso wie für Einführer, Lagerhalter und grundsätzlich alle Inverkehrbringer, aber auch für Restaurants und Kantinen.

Einzelhandel
Für den Einzelhandel bestehen Ausnahmen von der Kontrollpflicht. Trotzdem befinden sich viele Einzelhandelsketten im Öko Kontrollverfahren, entweder weil sie Vertriebslager betreiben oder auch, weil an Bedientheken (Aufbacken, Fleischtheken, Fischtheken) Bio-Produkte bearbeitet, abgepackt oder gekennzeichnet werden.

Internet-Shops
Die Arbeitsgemeinschaft der Bundesländer (LÖK) hat festgestellt, dass Internet-Händler im Distanz-/Versandhandel tätig seien und eine direkte Verkaufshandlung unter Anwesenheit des Endverbrauchers hier nicht vorliege und beschlossen: „Der Versandhandel einschließlich des Online Handels über das Internet ist unabhängig von individuellen Vereinbarungen und der Zusammensetzung der Käuferschaft kontrollpflichtig.“

Unteraufträge
Unterauftragnehmer, die kontrollpflichtige Tätigkeiten ausüben, müssen ebenfalls in das Kontrollregime einbezogen werden. Allerdings gibt es neben der direkten Anmeldung bei der zuständigen Behörde auch die Möglichkeit einer indirekten Teilnahme über die Anmeldung
des den Lohnauftrag erteilenden Unternehmens.

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