Homocystein entsteht aus dem Methylierungszyklus, einem Stoffwechselweg in unserem Organismus. Dieser Stoffwechselweg dient hauptsächlich der Synthese von S-Adenosylmethionin, ein Cosubstrat fast aller Enzyme. Durch die Methylgruppen werden die Biomoleküle übertragen. Diese Methyltransferasen sind an Biosynthesen und Regulationsprozessen unseres
Stoffwechsels beteiligt.

Die Aminosäure Homocystein kann zu Cystein umgewandelt werden. Die­se Aminosäure dient zur Synthese von Glutathion.
Homocystein ist ein kurzlebiges Zwischenprodukt aus dem Stoffwechsel, wenn der Organismus mit allem gut versorgt ist und keine entsprechenden Störungen aufweist. Das bedeutet, je niedriger der Plasmaspiegel im Blut, umso besser für den Organismus. Eine Erhöhung im Plasma findet dann statt, wenn die intrazelluläre Konzentration zu­ nimmt. In diesem Falle entlastet sich die Zelle und führt das Homocystein ins Blut ab. Bei zunehmendem Anstieg im Plasma spricht man von der Hyperhomocysteinämie. Dies kann besonders mit zunehmendem Alter einhergehen.
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